疾病進(jìn)程中實(shí)質(zhì)細(xì)胞表型的病理改變是疾病機(jī)制研究的核心挑戰(zhàn),而空間多組學(xué)技術(shù)正為解析這一過(guò)程提供全新的視角。本文分享的系統(tǒng)性研究思路,通過(guò)整合病理學(xué)分析、單細(xì)胞測(cè)序與CosMx空間分子成像(SMI)技術(shù),構(gòu)建了從組織形態(tài)到分子通路的完整研究框架,精準(zhǔn)揭示疾病誘導(dǎo)實(shí)質(zhì)細(xì)胞表型改變的分子機(jī)制。
一、研究思路
二. 研究思路詳解
1、為了解析疾病誘導(dǎo)實(shí)質(zhì)細(xì)胞表型發(fā)生了怎樣的改變,首先對(duì)疾病組織進(jìn)行病理分析,鑒定組織結(jié)構(gòu)和形態(tài)的變化特征,并將顯著發(fā)生病理變化的組織區(qū)域標(biāo)記。接下來(lái),對(duì)疾病組織和正常對(duì)照組織進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,對(duì)帶有標(biāo)記區(qū)域的疾病組織切片和正常對(duì)照組織切片進(jìn)行CosMx SMI空間轉(zhuǎn)錄組檢測(cè),整合兩部分?jǐn)?shù)據(jù)獲得空間單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。
圖1 空間單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組注釋結(jié)果示例
圖2 疾病組織vs正常組織實(shí)質(zhì)細(xì)胞及候選上游細(xì)胞差異分析結(jié)果示例
圖3 空間細(xì)胞互作分析及驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果示例