空間多組學(xué)研究思路分享（一）：解析腫瘤微環(huán)境特征

腫瘤微環(huán)境（TME）作為癌癥發(fā)展的核心驅(qū)動(dòng)力，其復(fù)雜的細(xì)胞組成和空間異質(zhì)性一直是癌癥研究的難點(diǎn)。傳統(tǒng)方法難以捕捉細(xì)胞間的時(shí)空互作動(dòng)態(tài)，而空間多組學(xué)技術(shù)的興起為解決這一挑戰(zhàn)提供了革命性工具。這些技術(shù)不僅能解析細(xì)胞類型和基因表達(dá)的精細(xì)圖譜，還能揭示腫瘤發(fā)展中的關(guān)鍵信號(hào)通路，為新治療策略的開發(fā)奠定基礎(chǔ)。在本文中，我們分享了一種系統(tǒng)性的研究思路，旨在通過整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)（如CosMx SMI），全面解析腫瘤微環(huán)境的特征。該思路不僅聚焦于細(xì)胞類型的鑒定和功能分析，還通過空間鄰域和互作分析，動(dòng)態(tài)描繪腫瘤微環(huán)境的演變規(guī)律。

研究思路

 
研究思路詳解

為了解析腫瘤微環(huán)境特征，需要獲得腫瘤組織中細(xì)胞類型和基因表達(dá)的詳細(xì)表達(dá)水平和空間分布規(guī)律。因此，首先使用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，詳細(xì)解析腫瘤組織的細(xì)胞類型組成。并將其作為參考用于空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞注釋。隨后，基于CNV算法鑒定惡性細(xì)胞，并通過信號(hào)通路分析等方法確認(rèn)各細(xì)胞類型在腫瘤發(fā)展中發(fā)揮的功能，篩選影響腫瘤發(fā)展的關(guān)鍵細(xì)胞類型（下稱為細(xì)胞類型A）。