firefly液體處理平臺應(yīng)用于提速高通量NGS建庫工作效率
簡介
為了滿足用戶對更快、更精簡的 DNA 文庫制備實驗流程的需求，同時需要針對各種樣本類型都能制備出高質(zhì)量文庫，New England Biolabs開發(fā)了NEBNext UltraExpress™DNA文庫制備試劑盒，該試劑盒對不同起始量的DNA 樣本都共用一個相同簡單的流程，無論是機械打斷或是酶切打斷的DNA均適用。與以前的試劑盒相比，該試劑盒工作流程使用預混試劑，減少了反應(yīng)時間和純化步驟，得益于改進的化學組分，針對不同的起始量的DNA，2小時內(nèi)即可制備出高產(chǎn)量、高質(zhì)量文庫。配合自動化的移液工作站，這個新的試劑盒能夠為NGS建庫提供一套非常通用、高通量、高質(zhì)量的 DNA樣本制備流程。
哈佛醫(yī)學院的生物聚合物基因組學核心設(shè)施（BPF）研究人員使用SPT Labtech的firefly®液體處理平臺，成功自動化實現(xiàn)多功能NEBNext UltraExpress DNA文庫準備試劑盒從不同投入量的DNA制備出高質(zhì)量的NGS文庫。通用的、簡化的NEBNext UltraExpress工作流程與用戶友好的firefly一起創(chuàng)建了用于生成用于Illumina DNA測序的NGS庫方法之一。
自動化基因組學液體處理之firefly
firefly是專門為簡化NGS文庫制備而設(shè)計的，它集成了多種液體處理能力。
方法
NEBNext UltraExpress文庫準備試劑盒
在96孔PCR板（Biorad Hard-Shell®plate）上，使用firefly完成所有的分液、吸液和混勻步驟，以執(zhí)行基于磁珠的DNA純化。
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DNA純化珠（Ampure XP, Beckman Coulter）、乙醇和洗脫緩沖液（0.1×TE）以及酶混合物使用非接觸式分液頭進行分液。
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DNA樣品和Index引物轉(zhuǎn)移、所有混勻步驟和所有上清轉(zhuǎn)移至waste均使用移液頭進行。
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96孔板磁鐵（MagnumFLX, Alpaqua）用于所有磁珠分離步驟。
NEBNext UltraExpress DNA Library
Prep with FS:
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所有12列11.8ng illumina PhiX DNA，不需要打斷因為試劑盒包含酶切打斷。
NEBNext UltraExpress DNA Library
已經(jīng)打斷DNA:
- 74.7 ng/µL（來自Qubit的濃度）人gDNA (promega)，使用Covaris M220打斷至200bp。在TapeStation D5000上運行打斷文庫以確認達到所需的大小。1:20稀釋，然后Qubit QC得到濃度6.96 ng/µL。最終每孔輸入104.4 ng打斷的人gDNA。包括2個孔的NTC（DNase/ rase -free water）
結(jié)果
結(jié)論
在這項工作中，我們展示了NEBNext UltraExpress DNA文庫準備工作流程，成功地在firefly自動化上使用和不使用酶切片段化系統(tǒng)，并在96孔板中證明樣本片段大小分布的均一性。結(jié)合易用的firefly和NEBNext UltraExpress DNA文庫準備試劑盒操作簡單，使DNA測序文庫的構(gòu)建比以往任何時候都更容易。快速的NEBNext UltraExpress DNA文庫準備工作流程，允許DNA在短短幾個小時內(nèi)從初始樣本到可讀文庫的快速和有效的自動化；與更多勞動密集型試劑盒相比，通過手動或自動執(zhí)行需要更長的時間，從而節(jié)省寶貴的時間和資源。firefly是同類產(chǎn)品中最緊湊的液體處理器之一，能夠以最小的工作臺空間要求實現(xiàn)簡單NGS文庫制備的自動化。這與它的易用性相結(jié)合，使面臨規(guī)模和人員限制的實驗室能夠滿足其NGS庫制備的需求。
