DSP空間多組學(xué)技術(shù)的常見問題及項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)總結(jié)

上期我們分享了“空間組學(xué)樣本制備指南 | 打造完美切片：DSP技術(shù)樣本處理全攻略”
本期我們將大家常見的問題以及項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)為大家整理成了FAQ，趁熱打鐵與您分享！

1、DSP（Digital Spatial Profiling）是一個(gè)空間多組學(xué)技術(shù)，這些組學(xué)可以同時(shí)檢測嗎？具體包含哪些組學(xué)呢？
答：可以在一張切片同時(shí)檢測轉(zhuǎn)錄組和蛋白組。包含哪些具體組學(xué)產(chǎn)品見下圖1。

2、ROI和AOI有什么區(qū)別呢？
答：在 Digital Spatial Profiling (DSP) 技術(shù)中，ROI（Region of Interest）是指在組織切片上由研究者根據(jù)形態(tài)學(xué)特征或標(biāo)記物選擇的感興趣區(qū)域，是進(jìn)行空間分子分析的總體框架。

AOI（Area of Illumination/Analysis）則是 ROI 內(nèi)部進(jìn)一步定義的分析單元，代表實(shí)際進(jìn)行熒光照射、寡核苷酸釋放及分子信息采集的空間范圍。

換言之，ROI 是“宏觀選區(qū)”，決定研究的整體區(qū)域；AOI 是“微觀劃分”，決定數(shù)據(jù)獲取的精細(xì)尺度。二者的合理結(jié)合可實(shí)現(xiàn)從組織結(jié)構(gòu)層面到分子分辨層面的空間多組學(xué)解析。（具體可全選圈選模式見下圖2）

3、DSP成像marker可以自由選擇嗎？
答：不完全自由，主要受熒光通道的限制。DSP主要包含以下四種熒光通道：

4、DSP實(shí)際圈選的界面怎么操作？
答：（1）ROI/AOI圈選主界面。

（2）ROI圈選模式-多種可選

   
（3）ROI菜單（根據(jù)形狀）
ROI菜單內(nèi)容：①ROI名稱、坐標(biāo)及尺寸；②圈選面積&包含核數(shù)；③備注等其他信息（可選）；④AOI信息（可選）；⑤不超過660×770μm

（4）AOI菜單（根據(jù)顏色）
AOI定義：通道之間的邏輯運(yùn)算；
通道閾值是所有ROI通用

（5）渲染設(shè)置內(nèi)容：
①M(fèi)in&Max：明暗度和對比度；
②不同樣本或ROI可靈活調(diào)整
“空間維度+多組學(xué)”-高分中標(biāo)公式!

本期分享挑選了top問題進(jìn)行解答，若您對DSP有其他疑問，請隨時(shí)聯(lián)系小備~

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樂備實(shí)是國內(nèi)專注于提供高質(zhì)量蛋白檢測以及組學(xué)分析服務(wù)的實(shí)驗(yàn)服務(wù)專家，自2018年成立以來，樂備實(shí)不斷尋求突破，公司的服務(wù)技術(shù)平臺已擴(kuò)展到單細(xì)胞測序、空間多組學(xué)、流式檢測、超敏電化學(xué)發(fā)光、Luminex多因子檢測、抗體芯片、PCR Array、ELISA、Elispot、PLA蛋白互作、多色免疫組化、DSP空間多組學(xué)等30多個(gè)，建立起了一套涵蓋基因、蛋白、細(xì)胞以及組織水平實(shí)驗(yàn)的完整檢測體系。

我們可提供從樣本運(yùn)輸、儲存管理、樣本制備、樣本檢測到檢測數(shù)據(jù)分析的全流程服務(wù)。憑借嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)室管理流程、標(biāo)準(zhǔn)化實(shí)驗(yàn)室操作、原始數(shù)據(jù)儲存體系以及實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目管理系統(tǒng)，已經(jīng)為超過3000家客戶單位提供服務(wù)，年檢測樣本超過100萬，受到了廣大客戶的信任與支持。

原文點(diǎn)擊：嘿！關(guān)于DSP空間組學(xué)的FAQ來嘍~ （干貨分享）