從幾個常見問題理解SNP

1.什么是SNP？
定義：SNP（單核苷酸多態(tài)性）是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異（如A、T、C、G之間的替換）所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種，占所有已知多態(tài)性的90%以上。
2.SNP和SNV有什么區(qū)別？
都指代單個核苷酸的變異，但使用場景和側(cè)重點不同：
SNP是常見的變異（頻率>1%），屬于正常的遺傳多樣性。
SNV（單核苷酸位點變異）是一個更中性的術(shù)語，泛指任何單核苷酸變異，不強調(diào)其群體頻率。當(dāng)一個新發(fā)現(xiàn)的變異頻率尚未明確時，常先稱為SNV。一旦在群體研究中確認其頻率大于1%，就可歸類為SNP。
3.進行SNP研究的基本思路是什么？
一項完整的SNP研究通常包含以下幾個關(guān)鍵步驟：
尋找目標SNP位點：可以通過查閱文獻數(shù)據(jù)庫、對候選基因進行重測序或進行全基因組關(guān)聯(lián)分析來發(fā)現(xiàn)與目標性狀或疾病相關(guān)的SNP。
位點驗證與基因分型：在選定目標SNP后，需要在更大規(guī)模的實驗組和對照組樣本中進行驗證，確定每個個體的基因型。
關(guān)聯(lián)與功能分析：將獲得的分型結(jié)果與表型數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計學(xué)關(guān)聯(lián)分析。如果某個SNP與表型顯著相關(guān)，還需要進一步通過實驗驗證其生物學(xué)功能，例如研究它如何影響基因表達或蛋白質(zhì)功能。
4.SNP檢測遇到問題怎么辦？
在實驗過程中，可能會遇到一些常見問題：
位點驗證失敗：可能由于引物設(shè)計不合理、PCR條件不佳或測序質(zhì)量不高。解決方案是優(yōu)化引物和PCR條件（如退火溫度），并確保測序質(zhì)量。此外，當(dāng)目標SNP位于高同源區(qū)段（如基因家族、重復(fù)序列）時，常規(guī)技術(shù)極易因非特異性擴增導(dǎo)致失敗。翼和生物的多重長片段PCR捕獲技術(shù)，可跨越高同源區(qū)域進行精準捕獲，是解決此類問題的利器。
分型錯誤或遺漏：可能由于測序深度不足、比對算法不準確或分型標準不嚴格。應(yīng)檢查數(shù)據(jù)質(zhì)量，使用可靠的比對工具和分型算法。
5.SNP位于基因組的不同位置，其影響有何不同？ 
編碼區(qū)SNP（cSNP）：位于基因的編碼區(qū)，雖然數(shù)量較少，但更受關(guān)注。它又分為：
同義cSNP：不改變所編碼的氨基酸序列，通常對蛋白質(zhì)功能無影響。
非同義cSNP：會改變氨基酸序列，可能直接影響蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，是導(dǎo)致性狀差異的直接原因。
非編碼區(qū)SNP：位于基因的調(diào)控區(qū)域（如啟動子）或基因間區(qū)。這些位點的SNP可能會影響基因的表達水平，從而間接影響表型。
6.SNP在疾病研究和精準醫(yī)療中有什么作用？ 
解釋疾病易感性與個體差異：SNP是造成個體對疾病易感性和藥物反應(yīng)存在差異的重要遺傳基礎(chǔ)。例如，攜帶BRCA1基因特定SNP的女性患乳腺癌的風(fēng)險會顯著增高。這可以解釋為什么在相同環(huán)境下（如都吸煙），有人患病而有人健康。翼和生物的SNP分型服務(wù)曾助力研究人員在精神分裂癥、非綜合征性口面裂以及妊娠期糖尿病等領(lǐng)域取得重要發(fā)現(xiàn)，相關(guān)成果已發(fā)表于高水平學(xué)術(shù)期刊。
指導(dǎo)個性化用藥：通過檢測與藥物代謝、療效和副作用相關(guān)的SNP，醫(yī)生可以為患者選擇最合適的藥物和劑量。例如，檢測CYP2C19基因的SNP可以指導(dǎo)抗凝血藥氯吡格雷的用藥。