骨髓作為生物體內(nèi)負(fù)責(zé)造血的核心場(chǎng)所,其內(nèi)部復(fù)雜的細(xì)胞與血管網(wǎng)絡(luò)在生理穩(wěn)態(tài)、免疫應(yīng)答以及組織修復(fù)過程中扮演著關(guān)鍵角色。然而,由于骨髓組織深藏于堅(jiān)硬的骨皮質(zhì)內(nèi)部,且其結(jié)構(gòu)極為脆弱,傳統(tǒng)成像技術(shù)難以在不破壞樣本結(jié)構(gòu)的前提下,實(shí)現(xiàn)對(duì)完整長(zhǎng)骨(如小鼠股骨)骨髓腔深處進(jìn)行高分辨率三維觀測(cè)。這一技術(shù)瓶頸限制了對(duì)骨髓微環(huán)境,特別是細(xì)胞間相互作用和空間分布關(guān)系的深入理解。為此,研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種名為MarShie(骨髓屏蔽)的新型組織透明化技術(shù)。該技術(shù)通過引入SHIELD環(huán)氧化物固定、EDTA溫和脫鈣、主動(dòng)脫脂以及Quadrol基團(tuán)的漂白步驟,成功實(shí)現(xiàn)了對(duì)完整小鼠股骨骨髓結(jié)構(gòu)的完美保存與高度透明化,為在單細(xì)胞乃至亞細(xì)胞水平上對(duì)骨髓進(jìn)行三維定量分析鋪平了道路。
本研究的重要發(fā)現(xiàn)由Till Fabian Mertens, Alina Tabea Liebheit, Johanna Ehl, Ralf Kohler, Asylkhan Rakhymzhan, Andrew Woehler, Lukas Katthan, Gernot Ebel, Wjatscheslaw Liublin, Ana Kasapi, Antigoni Triantafyllopoulou, Tim Julius Schulz, Raluca Aura Niesner與Anja Erika Hauser等研究人員共同完成。研究成果以題為“MarShie: a clearing protocol for 3D analysis of single cells throughout the bone marrow at subcellular resolution”的論文形式在《Nature Communications》期刊上發(fā)表。
重要發(fā)現(xiàn)
01論文的核心貢獻(xiàn)與實(shí)驗(yàn)結(jié)論
本論文最核心的貢獻(xiàn)是開發(fā)并驗(yàn)證了MarShie這一針對(duì)骨髓組織優(yōu)化的整體透明化技術(shù)流程。該技術(shù)成功解決了骨髓成像中的兩大核心難題:組織結(jié)構(gòu)的完整保存與深部組織的光學(xué)透明。通過結(jié)合薄層光顯微技術(shù)(LSFM),研究團(tuán)隊(duì)首次實(shí)現(xiàn)了在完整小鼠股骨中,對(duì)從骨內(nèi)膜到骨髓腔最深處所有區(qū)域的細(xì)胞進(jìn)行三維成像,分辨率達(dá)到了單細(xì)胞乃至亞細(xì)胞級(jí)別。
02組織透明化與信號(hào)保存
實(shí)驗(yàn)過程始于對(duì)小鼠股骨樣本的精心處理。MarShie協(xié)議的核心步驟包括:采用SHIELD環(huán)氧化物進(jìn)行灌注固定,以構(gòu)建穩(wěn)定的組織支架;使用EDTA進(jìn)行溫和脫鈣,去除骨骼的無機(jī)成分;通過電動(dòng)力學(xué)方法促進(jìn)骨髓的均勻脫脂;最后利用Quadrol進(jìn)行高效脫色。這一系列操作確保了骨髓結(jié)構(gòu)在透明化過程中不發(fā)生腫脹或收縮,完整保留了細(xì)胞間的空間關(guān)系。研究證實(shí),經(jīng)過MarShie處理后的股骨,在785納米波長(zhǎng)下光學(xué)透射率超過90%,為深部成像提供了必要條件。
03多色熒光成像與信號(hào)增強(qiáng)
在成像能力方面,研究團(tuán)隊(duì)驗(yàn)證了MarShie技術(shù)與多種熒光信號(hào)的兼容性。他們使用了CX3CR1-GFP x Cdh5-tdTomato/histone-GFP等多種報(bào)告基因小鼠模型,成功檢測(cè)了內(nèi)源性GFP、tdTomato等熒光蛋白信號(hào)。針對(duì)GFP信號(hào)在深部骨髓中較弱的問題,他們引入了基于納米抗體的信號(hào)增強(qiáng)技術(shù)(anti-GFP-Atto647N nanobooster),將信號(hào)波長(zhǎng)轉(zhuǎn)移至遠(yuǎn)紅光范圍,顯著提升了信噪比(SNR)。在深部骨髓區(qū)域,Atto-647N信號(hào)的信噪比高達(dá)20.3,遠(yuǎn)優(yōu)于未增強(qiáng)的GFP信號(hào)(SNR=4.0),這使得即使像細(xì)胞樹突狀突起這樣的精細(xì)結(jié)構(gòu)也能被清晰分辨。
04圖像預(yù)處理與人工智能分割
針對(duì)薄層光顯微鏡成像中因骨骼散射和吸收產(chǎn)生的條紋偽影,研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種定向快速傅里葉變換(FFT)去條紋算法。該算法根據(jù)顯微鏡照明光路的方向性,在傅里葉空間構(gòu)建特異性濾波器,能夠有效抑制條紋偽影,同時(shí)保留樣本的結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)和空間分辨率(經(jīng)測(cè)量,去條紋前后線剖面分辨率均為約2.1微米)。經(jīng)過預(yù)處理的圖像質(zhì)量足以支持后續(xù)的機(jī)器學(xué)習(xí)分析。
利用LABKIT軟件中的隨機(jī)森林分類器,研究團(tuán)隊(duì)對(duì)血管網(wǎng)絡(luò)(Cdh5-tdTomato信號(hào))和特定細(xì)胞類型(如CX3CR1+髓系細(xì)胞)進(jìn)行了精確的三維分割與量化。通過計(jì)算分割結(jié)果與人工標(biāo)注之間的交并比(IoU),驗(yàn)證了該自動(dòng)分割算法的可靠性(IoU值約為0.65-0.68),與專業(yè)人員標(biāo)注的一致性相當(dāng)。這一技術(shù)流程使得對(duì)骨髓內(nèi)細(xì)胞密度、空間分布及其與血管距離的定量分析成為可能。
創(chuàng)新與亮點(diǎn)
01突破的成像難題
MarShie技術(shù)突破了過去骨髓三維成像的多個(gè)關(guān)鍵瓶頸。首先,它解決了脆弱骨髓組織在透明化過程中結(jié)構(gòu)塌陷或變形的難題,首次實(shí)現(xiàn)了在完整長(zhǎng)骨中對(duì)骨髓腔全范圍結(jié)構(gòu)的無損保存。其次,它克服了骨髓深部區(qū)域由于血紅蛋白等色素造成的光吸收和散射問題,通過優(yōu)化的脫色步驟,使光能夠穿透至骨髓腔中心區(qū)域。最后,它通過創(chuàng)新的圖像預(yù)處理和機(jī)器學(xué)習(xí)方法,解決了在復(fù)雜背景下對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行自動(dòng)、精確識(shí)別和分割的挑戰(zhàn)。
02新成像技術(shù)價(jià)值
在技術(shù)層面,MarShie的亮點(diǎn)在于其高度的集成性和通用性。它不僅兼容內(nèi)源性熒光蛋白報(bào)告基因,還支持通過靜脈注射抗體進(jìn)行體內(nèi)細(xì)胞標(biāo)記(如CD31、CD169),并允許利用二次諧波成像(SHG)對(duì)膠原等結(jié)構(gòu)進(jìn)行無標(biāo)記觀察。這種“多模態(tài)”成像能力降低了對(duì)特殊轉(zhuǎn)基因小鼠模型的依賴,拓寬了技術(shù)的應(yīng)用范圍。此外,經(jīng)過MarShie處理的樣本其熒光信號(hào)可穩(wěn)定保存長(zhǎng)達(dá)六個(gè)月,為樣本的長(zhǎng)期保存和重復(fù)測(cè)量提供了便利。
03光學(xué)生物醫(yī)療價(jià)值
從生物醫(yī)學(xué)價(jià)值來看,MarShie技術(shù)為我們打開了一扇窺探骨髓“黑箱”內(nèi)部微觀世界的高清窗口。研究團(tuán)隊(duì)利用該技術(shù)取得了重要的生物學(xué)發(fā)現(xiàn):例如,清晰地揭示了衰老小鼠骨髓中中央靜脈竇體積的顯著萎縮以及皮質(zhì)骨內(nèi)出現(xiàn)異位骨髓島的年齡相關(guān)性變化。在骨骼損傷模型中,該技術(shù)能夠動(dòng)態(tài)、三維地展示損傷后髓系細(xì)胞的聚集、血管新生以及細(xì)胞與血管相互作用的時(shí)空過程。這對(duì)于研究造血干細(xì)胞niche、免疫細(xì)胞動(dòng)力學(xué)、骨相關(guān)疾。ㄈ绻琴|(zhì)疏松、骨髓瘤)的病理機(jī)制以及組織再生醫(yī)學(xué)都具有不可估量的價(jià)值,有望推動(dòng)骨髓生物學(xué)研究進(jìn)入一個(gè)全新的定量化、空間化時(shí)代。
總結(jié)與展望
綜上所述,MarShie技術(shù)通過其卓越的組織保存能力、深部透明化效果和高分辨率成像兼容性,成功建立了一套用于完整長(zhǎng)骨骨髓三維分析的標(biāo)準(zhǔn)化流程。該項(xiàng)工作不僅是技術(shù)上的創(chuàng)新,更通過具體的生物學(xué)應(yīng)用實(shí)例,如揭示年齡相關(guān)的血管結(jié)構(gòu)變化和損傷修復(fù)過程中的細(xì)胞動(dòng)態(tài),證明了其強(qiáng)大的實(shí)用價(jià)值。該技術(shù)將光學(xué)工程、圖像信息學(xué)與骨髓生物學(xué)緊密結(jié)合,為在單細(xì)胞水平上無偏地、定量地研究完整器官級(jí)的細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)提供了強(qiáng)大工具。展望未來,MarShie技術(shù)框架有望被廣泛應(yīng)用于人類骨骼樣本分析、其他硬組織研究以及更廣泛的生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,從而深化我們對(duì)骨髓在健康與疾病狀態(tài)下功能的理解,并為開發(fā)新的治療策略提供前所未有的空間洞察力。
論文信息
聲明:本文僅用作學(xué)術(shù)目的。
Mertens TF, Liebheit AT, Ehl J, Köhler R, Rakhymzhan A, Woehler A, Katthän L, Ebel G, Liublin W, Kasapi A, Triantafyllopoulou A, Schulz TJ, Niesner RA, Hauser AE. MarShie: a clearing protocol for 3D analysis of single cells throughout the bone marrow at subcellular resolution. Nat Commun. 2024 Feb 26;15(1):1764.
DOI:10.1038/s41467-024-45827-6.